Yeni yöntemler sayesinde kürtajın riskleri oldukça nadir görülür. Her operasyonda olduğu gibi narkozun getirdiği riskler vardır. Ayrıca rahim ve rahimağzının yaralanmaları söz konusu olabilir. Gecikmeli de olsa enfeksiyon ve knamalar gözlenebilir. Bölgesel uyuşturma kullanılarak yapılan kürtajda, yan etkiler daha seyrektir.

Düşük ilacı ile başarılı bir şekilde gerçekleşen gebelik sonlanmalarında, operasyona da ihtiyaç kalmadıysa, risk çok daha nadir oluşur.